制藥工程專業是以生產藥品為對象的工程類專業，是建立在藥學、化學、生物學、工程學和醫學基礎上的交叉學科，是化學和制藥類的前沿學科領域。制藥工程專業于2011年被批準為黑龍江省重點專業，現有化學制藥和藥物制劑兩個專業方向。專業與日本新潟大學、日本德島文理大學有著多年的合作交流，專業教師中有6人具有博士學位，并且均有海外留學經歷。
該專業開設物理化學、有機化學、化工原理、應用波普解析、藥物合成反應、藥物化學、藥理學、藥劑學、藥品檢驗、制藥過程安全與環保、藥品生產質量管理、企業管理與技術經濟、天然藥物化學、制藥工程工藝車間設計、制藥工藝學等20余門必修課。培養以化學為基礎，掌握化學制藥、生物制藥、中藥制藥、藥物制劑技術與工程的基本理論、基本知識及藥物生產裝置工藝與設備設計方法；具有對藥物新資源、新產品、新工藝進行研究、技術開發和工藝與工程設計的能力，熟悉國家關于藥物產品的生產、設計、研究與開發，環境保護等方面的方針、政策和法規的專業應用型技術人才。
學生畢業后，能在醫藥、農藥、精細化工及其相關企事業單位從事醫藥、化工產品生產、開發、研究以及經營、組織、管理、銷售與服務等方面工作。
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